Общие ссылки

jQuery: Официальный сайт | Документация на английском | Русская документация (частично)

JavaScript: Справочник | Учебник

Создание графиков

• Разнообразные графики и диаграммы: Chart.js | Документация | Примеры
• «Временные» горизонтальные диаграмы: Timesheet.js — не требует jQuery.

Лайтбоксы

• «Типовой» лайтбокс для картинок: Lightbox. Довольно большой по размеру.
• Простой и легкий лайтбокс: SimpleLightbox

Модальные окна

• Красивая анимация и небольшой размер. Не требует jQuery: Avgrund | Демо
• Простой, лёгкий, настраиваемый: jQuery.bPopup.js
• Очень маленький размер: leanModal.js
• Красивая анимация: Remodal
• Поддерживает «настоящую» модальность: tingle.js — не требует jQuery.

Пагинация

• Старенький, но рабочий вариант: jPaginate

Счёт времени

• Прямой и обратный отсчёт: Countdown — не требует jQuery.

Навигация по странице

• Простой и настраиваемый вариант: spaNav | Демо

Работа с куками

• Упрощает работу с куками: jquery.cookie

Голосование/рейтинг

• jQuery Upvote | Демо

Анимация, вау, hover-эффекты

• «Типовой» вариант с огромным количеством анимации: WOW. Требует наличия Animate.css
• Анимация для изображений при наведении: Adipoli | Демо | (отстутсвует документация, поэтому нужно смотреть код плагина)
• Анимация перехода между двумя иконками: iconate
• Анимация изменения положения фона: jQuery Background Position
• Ripple-эффект: RippleButtons.js | Демо

Аккордионы, спойлеры

• Позволяет сохранять состояние элементов: jQuery Collapse | Демо
• «Классический» спойлер: Readmore.js

Слайдеры

• Адаптивный, множество настроек, поддержка тач-экранов, лёгкий: JQuery lightSlider | Демо. Может работать совместно с jQuery lightgallery
• Адаптивный, легко настраивается: OwlCarousel2
• Простой и меленький слайдер для изображений: ResponsiveSlides.js
• Слайдер с боковым аккордионом: Slidorion
• Слайдер с поддержкой тач-экранов и выводом миниатюр: Fotorama