Работа с базой данных всегда была сильной стороной CodeIgniter. В 4-й версии сохранился практически тот же самый подход, что и в прошлых версиях, хотя есть отличия. В первую очередь стоит отметить, что SQL Query Builder (Active Records в первой и второй версиях) теперь вынесен отдельным классом. Если раньше SQL-запрос строился прямо в объекте базы ($db), то сейчас это нужно делать отдельно.
Основной объект базы теперь содержит не так много методов, наиболее используемый из которых query().
Но самое главное это то, что CodeIgniter 4 поддерживает Named Bindings, что очень сильно его приближает к стандартной работе с PDO.