Пост-солянка. :)
1. На новом сервере я включил PHP как FastCGI. Скорость тестового сайта несколько увеличилась (примерно в 2 раза). Это на WordPress. Теперь я решил поставить другой сайт на своей MaxSite CMS и как оказалось .htaccess при таком режиме работает как-то по другому. В частности при использовании ЧПУ, сервер выдает, что файл не найден.