Нормализацию базы делают для того, чтобы избежать логических ошибок. Изменение структуры таблиц достаточно затратная операция. Помимо того, что нужно будет позаботиться о сохранности данных, придётся ещё переписывать sql-запросы, а также программный код, их обслуживающий. Поэтому лучше потратить больше времени на обдумывание структуры и тестирование базы.
Нормализация никакого отношения к языку SQL или СУБД не имеет. Это всего лишь подход или рекомендация. Поэтому для SQLite нет никаких проблем работать с любой, даже неоптимальной структурой. Нормализация нужна нам, разработчикам, чтобы избежать головной боли в будущем.